Уникум родился в 1330 г. в Понтуазе (ныне пригород Парижа) в бедной семье. После кончины родителей, давших ему приличное образование, Николя перебрался в Париж, где, поселившись в каморе, стал общественным писарем, а позднее нотариусом. Писанием частных писем, составлением ходатайств, инвентарных описей, актов гражданского состояния, ведением счетов, переписыванием и иллюстрацией манускриптов Фламель заработал средства, достаточные для того, чтобы вести скромный образ жизни и обзавестись семьей — его избранницей стала «дважды вдова» Пернелла Лета.
Супруги построили дом и мастерскую, в которой работали многочисленные ученики и подмастерья, переписывавшие книги и копировавшие иллюстрации. Работники получали достойный заработок и состояли у хозяина на полном довольствии.
Все биографы Фламеля упоминают о «чудесном» сновидении, посетившем Николя. Писарю явился ангел с редкостной книгой и предрек, что эта книга сыграет в его жизни судьбоносную роль.
И впрямь спустя несколько лет, в 1357 г., Фламель по случаю приобрел за два флорина старинную «Книгу Иудея Авраама» с обложкой из мягкой кожи и выгравированными на ней странными письменамии рисунками, которые, как ни бился, он так и не смог расшифровать.
Сделав копии, писарь тщетно пытался найти среди ученых мужей Парижа дешифровщика, пока лиценциат медицины мэтр Ансельм не объяснил ему смысл рисунков, сводящийся к получению Философского камня за шесть лет. Устроив в подвале своего дома лабораторию, Фламель 21 год предавался алхимическим опытам, но никакого результата не получил. Однако книга уже не оставляла своего адепта, надо было как-то ее расшифровать!
Поскольку фолиант был на арамейском языке, а в Париже не было евреев (их изгнали из Франции в 1394 г.), и к тому же понять текст можно было, только зная тайное учение евреев — каббалу, Николя решил совершить паломничество в Испанию к могиле святого апостола Иакова в Сантьяго-де-Компостела. (Aпостол Иаков являлся святым покровителем христианских алхимиков.) В Испании Фламель надеялся найти разъяснения у раввина какой-нибудь испанской синагоги.
В кастильском Леоне он случайно познакомился с таинственным мэтром Санчесом, который, увидев копию «Книги...», признал в ней древнееврейский манускрипт, тут же бросил все свои дела и подался с Фламелем в Париж. По пути наставник расшифровал писарю текст. Главнoe, что узнал Николя от мэтра, как производить трансмутацию металлов, то есть получить Философский камень. Санчес же, не дойдя до Парижа, в Орлеане отдал Богу душу.
Потратив еще три года на алхимические опыты, Фламель (по его собственному признанию) осуществил 17 января 1382 г. трансмутацию в серебро «гораздо более высокого качества, нежели то, что добывают в рудниках», а затем, 25 апреля того же года, получил золото «более высокого качества, нежели обычное».
Как там было на самом деле — тайна не меньшая, чем сама алхимия, но писарь вдруг словно по мановению волшебной палочки стал сказочно богат. Дo конца 1382 г. Фламель приобрел несколько участков земли и построил 30 зданий (в том числе и по собственным архитектурным проектам), что по тем временам мог позволить себе только непомерно богатый человек. Трудись Николя день и ночь всю свою жизнь, вряд ли он заработал бы и десятую часть такого состояния.
В старости Фламель стал называть себя философом, и тому были основания — он создал два ключевых труда по алхимии — «Краткое изложение философии» и «Книгу прачек». Также Фламелю приписывают еще «Иероглифические фигуры» и «Завещание».
После смерти жены, как говорят, замаливая свои оккультные грехи, Николя занялся меценатством. В 1407 г. Фламель построил дом (он сегодня считается самым древним зданием Парижа), в котором устроил приют для бедных странников. Вскоре для этих же целей он пожертвовал еще один дом, потом построил больницу...
Кроме того, Фламель построил и восстановил несколько церковных сооружений Парижа (в то время это было чрезвычайно дорогостоящим деянием): церковь Сен-Жак-де-ла-Бушри, церковь Сент-Женевьев-дез-Ардан, старинную капеллу госпиталя Сен-Жерве, сооружения (в том числе оссуарий — костницу) на кладбище Невинных и т.д. Всего благотворитель возвел к 1413 г. в Париже 14 больниц, 3 часовни и 7 церквей, а также привел в порядок прилегающие к ним кладбища. Столько же добрых дел совершил Николя и в Булони. «Пожертвования занесены в муниципальные документы, которым нет оснований не верить».
На каждом богоугодном здании по воле филантропа воспроизводились герметические знаки и символы «Книги...».
Многократно вкладывал Фламель деньги в развитие искусства, учредил несколько фондов. Говорят, «даже еще в 1742 г. в Париже раздавалась милостыня из оставленных Фламелем средств».
Ученые давно пришли к выводу, что противникам алхимии очень трудно предложить альтернативную версию мгновенного обогащения скромного писаря. Не выдерживают критики ни «честный труд», ни ростовщичество, ни мошеннические операции алхимика (что, по отзывам современников, и вовсе было невозможно).