Условия для появления казаков на Южном Урале были созданы после покорения Казанского и Астраханского ханств, когда вольные волжские казаки под давлением правительственных войск частью покорились и остались на месте, а частью перешли на службу царю и русским купцам и стали продвигаться далее на восток[73]. В зависимости от места поселения они получили своё название: самарские, уфимские, исетские, яицкие и сибирские казаки. Исетские казаки, продвигаясь вверх по реке Исеть и её притоку реке Миасс, постепенно вклинивались между башкирскими и казахскими кочевниками, разъединяя их путём сооружения постов и укреплений. При содействии сибирских воевод на этой территории появились первые казачьи общины. Создание Оренбургского войска явилось следствием военной колонизации региона, предпринятой центральной властью. Путём этой колонизации правительство стремилось закрепить за Московским государством Поволжье, Приуралье и Урал и покончить с набегами кочевников. Колонизация была начата экспедицией под руководством обер-секретаря Правительствующего сената И.И. Кириллова в 1734 г.
В 1735 г. была построена крепость в устье реки Орь (позднее город Орск), а в 1742 г. — крепость в устье реки Сакмара (Оренбург)[74]. В 1730—1740-х гг. на Южном Урале в основном было завершено строительство Оренбургской оборонительной линии — мощной системы пограничных укреплений, включавшей в себя шесть оборонительных линий: Самарскую, Сакмарскую, Нижне- и Верхнеяицкую, Исетскую и Уйско-Тобольскую[75]. В 1744 г. был образован Оренбургский нерегулярный казачий корпус, который в 1748 г. по указу Военной коллегии Сената в целях обороны линии получил единое командование[76].Так началось создание Оренбургского казачьего войска. На линию были переселены уфимские, самарские, исетские и отчасти яицкие казаки, в связи с острой нехваткой людей для обороны границы в состав войска были включены малороссийские казаки и даже местные беглые крестьяне. В итоге было сформировано одно из крупнейших, как по площади территории, так и по численности населения, казачьих войск Российской империи. Оренбургские казаки принимали участие практически во всех вооружённых конфликтах России XIX в.: в Отечественной войне 1812 г. и заграничных походах 1813–1814 гг. (в составе четырёх казачьих полков), в подавлении польского восстания 1830 г., в Русско-турецких 1828—1829-го и 1877–1878 гг. и Крымской войнах, а также в покорении Туркестана.
В первой половине XIX в. правительство предприняло ряд мер по укреплению войска и увеличению его численности. В войсковое сословие в массовом порядке было зачислено всё население, проживавшее на войсковой территории, в войско также переселялись солдаты и малолетки, государственные крестьяне других губерний, татары, башкиры и мещеряки (по собственному желанию)[77]. В состав войска, в котором числилось 42 000 казаков, вошло 25 000 крестьян, около 10 000 отставных солдат и 1700 калмыков Ставропольского калмыцкого войска[78].
Одной из особенностей войска была тесная взаимосвязь в нём военного и гражданского управления. Положение об Оренбургском казачьем войске от 12 декабря 1840 г. разделило войско на два военных округа, в каждый из которых было включено по пять полковых округов. Полки имели две очереди: для службы на линии и для внешней службы. Помимо десяти полков могли формироваться сводные казачьи полки. Число выставляемых частей должно было увеличиваться по мере роста численности казачьего населения. Во главе всей войсковой администрации стоял войсковой Наказный атаман, подчинённый командиру Отдельного Оренбургского корпуса как главному начальнику войска[79]. Атаман являлся оренбургским гражданским губернатором, обладавшим в военном отношении правами начальника дивизии, а командир Корпуса являлся оренбургским военным губернатором. При атамане существовал штаб (Войсковое дежурство) во главе с начальником штаба — штаб-офицером или генералом, не принадлежавшим к войску. Войсковое дежурство являлось прежде всего органом военного управления, но также ведало хозяйственными и судебными вопросами, в административно-хозяйственном отношении оно действовало через окружные дежурства. В целом войско было преобразовано в практически полностью изолированный от внешнего воздействия орган, а выход из казачьего сословия был запрещён. К началу 1853 г. на действительной службе состояло 4673 казака. В укреплениях Оренбургской пограничной линии, по данным на 1857 г., несли службу 4829 оренбургских и 955 уральских казаков, 1062 солдата и 248 артиллеристов[80]. И хотя в этот период линия уже утрачивала своё военное значение, кордонная стража с неё была снята лишь в 1871 г.