После советско-финской войны 1939-1940 годов, согласно Московскому мирному договору, Финляндия вынуждена была сдать Ханко в аренду на 30 лет Советскому Союзу в качестве военно-морской базы. Здесь разместилось 23 тыс. советских военнослужащих и 5 тыс. гражданских лиц. Командир гарнизона базы генерал-майор (с 16 сентября 1941 генерал-лейтенант береговой службы) Сергей Иванович Кабанов. В июне 1941 года, перед самой войной, с Ханко убрали 1-ю бригаду торпедных катеров и 8-й дивизион подводных лодок. Так что корабельный состав базы включал всего семь малых охотников охраны водного района (ОВР базы), погранотряд и несколько малых катеров.
22 июня 1941 года, после нападения Гитлера на СССР, военно-воздушные и военно-морские силы Германии атаковали базу Ханко. После начала 25 июня 1941 года новой советско-финской войны осаду Ханко начали финские войска. Для отражения морского и воздушного десанта территория базы была разбита на два боевых участка, контролируемых манёвренными группами сухопутных войск. Сухопутную оборону базы составляли система заграждений на границе арендованной зоны, два оборудованных оборонительных рубежа и два рубежа непосредственной обороны самого города Ханко, один из которых был обращён фронтом к морю. Гарнизон базы составляла 8-я стрелковая бригада под командованием полковника Николая Павловича Симоняка, усиленная артиллерийским полком, зенитным артиллерийским дивизионом, танковым и сапёрным батальонами, а также батальоном связи. Сектор береговой обороны располагал несколькими железнодорожными и стационарными батареями. Имелось 3 305-мм и 4 180-мм на железнодорожных платформах, а также 9 130-мм, 3 100-мм и 24 45-мм орудия в стационарных батареях. После начала Великой Отечественной войны дополнительно установили 1 130-мм и 4 85-мм орудия, а также 6 45-мм пушек.
Противовоздушная оборона базы состояла из двенадцати 76-мм батарей и авиаэскадрильи (11 самолётов И-153 и И-15). В непосредственном подчинении базы находились 3 малых охотника МО-4 и несколько небольших катеров. Общая численность гарнизона базы составляла 25 300 человек. В первые же дни войны в Ленинград было эвакуировано практически всё гражданское население, в основном – семьи военнослужащих.
Перед войной финны всерьез опасались атаки на Хельсинки с базы в Ханко. Накануне войны финская оборона была усилена 17-й финской пехотной дивизией. Она располагала 103 орудиями. Командиром группы был назначен полковник Аарне Снелльман. Тогда зона обороны была разделена на шесть секторов. Когда ожидаемого советского вторжения не произошло, войска с Ханко стали переводить на другие участки. 17-ю дивизию направили 17 июля 1941 года в Северное Приладожье, после чего против русских войск осталась лишь 55-я пехотная дивизия. Новым командующим стал Эйно Коскимиес. Финны не пытались наступать, лишь несколько раз проведя разведку боем. Они рассчитывали взять неприятеля измором и вели позиционную борьбу, которая свелась к артиллерийским дуэлям.
Защитники Ханко создали два боевых участка и произвели минные постановки. Всего катерами и вспомогательными судами базы было выставлено 367 мин. Утром 25 июня советская авиация совершила на аэродромы Финляндии, а в районе Ханко вспыхнула артиллерийская дуэль. Это свидетельствовало о распространении военных действий на территорию Финляндии. В 22 часа 45 мин. генерал-лейтенант Эрик Хейнрикс отдал генерал-полковнику Вало Нихтиля по телефону устное распоряжение: «Главнокомандующий разрешает отвечать на огонь и уничтожение артиллерийских позиций, но не переход границы». Финляндия объявила войну СССР.
В августе в распоряжение генерала Кабанова прибыл из Палдиски 46-й отдельный стрелковый батальон численностью 1100 человек, а из саперного батальона, инженерных частей и тыловых подразделений был сформирован 219-й стрелковый полк. 7 сентября в прямое подчинение командиру базы перешел гарнизон острова Осмуссар, насчитывавший около тысячи человек.
Для расширения обороны Ханко были высажены морские десанты под командованием капитана Б. М. Гранина, занявшие 18 соседних с полуостровом островов. Базировавшаяся в Ханко авиаэскадрилья из 11 истребителей потеряла лишь один И-153 и двух лётчиков, и то по причине аварии, а не в бою. Путём постановки минных заграждений был стеснён манёвр неприятельских кораблей на шхерных фарватерах. 10 сентября на неприятельском минном заграждении «Юминда» погибла советская учебно-транспортная подводная лодка «Правда», доставлявшая на Ханко продовольствие, медикаменты и боеприпасы. Она была обнаружена только в 2008 году. Весь экипаж из 55 человек погиб.