Тем не менее во Второй мировой войне все же принял участие самолет, к созданию которого сам Х. Юнкерс имел прямое отношение, – ставший основным транспортным самолетом люфтваффе созданный еще в 1930 году под руководством Э. Цинделя «Junkers» Ju.52/3 м, получивший прозвище «Tante Ju» («Тетушка Ю»). Трехмоторный самолет с гофрированной обшивкой и неубирающимся шасси был способен поднять 18 пассажиров или 1500 кг груза. В 1940 году Ju.52 применялся для высадки воздушных десантов в Норвегии, Бельгии и Голландии, в мае 1941 года около 1300 солдат и 130 артиллерийских орудий было перевезено при захвате острова Крит. Активную роль играли транспортные «юнкерсы» и на Восточном фронте. Всего было выпущено более 4800 машин, эксплуатировавшихся в ряде стран до конца 70-х годов.
Работу над транспортными самолетами компания «Юнкерс» продолжила и впоследствии. В 1941 году под руководством Э. Цинделя и Крафта был создан трехмоторный транспортный самолет Ju.252, оснащенный герметичной кабиной, рассчитанной на перевозку 32 пассажиров. «Junkers» Ju.252 и его модификация Ju.352, перевозящие более 4 тонн груза или до 35 пассажиров и выпущенные общей численностью 60 машин, строились до осени 1944 года и использовались до самого конца войны.
Транспортным самолетом Ju.90 стал еще в 1937 году и несостоявшийся дальний бомбардировщик, создававшийся в рамках программы «Uralbomber». Выпущенная в количестве десятка экземпляров машина проявила себя в основном тем, что на первых порах использовалась в качестве буксировщика тяжелых грузовых планеров.
Несмотря на действующие ограничения Версальского договора, с приходом к власти национал-социалистов началось возрождение немецкой военной авиации, хотя до времени – под видом развития гражданского воздушного флота, и одна из ключевых ролей отводилась в этом процессе компании «Юнкерс».
Одним из первых шагов стало создание самолетов двойного назначения, способных выполнять функции как коммерческой машины, так и бомбардировщика.
Уже 4 ноября 1934 года в небо поднялся созданный Э. Цинделем самолет «Юнкерс» Ju.86. В отличие от предыдущих самолетов компании «Юнкерс», для которых были характерны прямоугольный в сечении фюзеляж и гофрированная обшивка, новый самолет имел фюзеляж овального сечения с гладкой обшивкой. Серийный выпуск начался уже в конце 1935 года. В гражданском варианте самолет мог перевозить десять пассажиров, военный вариант имел экипаж из четырех человек, нес три 7,9-мм пулемета МG 15 и мог поднять восемь 100 кг бомб, размещенных во внутренних бомбоотсеках. Дизельные двигатели «Jumo-205С» мощностью 600 л.с. обеспечивали скорость до 320 км/ч. Уже осенью 1938 года Ju.86 постепенно начали выводить из состава боевых частей, но тем менее он принял участие в Польской кампании, ограниченное число машин успело повоевать и на Восточном фронте, в частности 58 машин находилось в составе сил люфтваффе в декабре 1942 года под Сталинградом, но уже через два месяца 42 из них были потеряны. Позже, в 1943–1944 годах самолет применялся для борьбы с партизанами на Балканах и в Белоруссии, использовался также в качестве ночного бомбардировщика. Общий выпуск вместе с гражданскими машинами составил менее 500 самолетов.
В 1939 году была предпринята попытка переоборудовать самолет в высотный бомбардировщик. С этой целью были установлены новые высотные дизели «Jumo-207» и гермокабина, увеличена площадь крыла, сняты стрелковые установки. Самолет выпускался в двух вариантах: высотного бомбардировщика Ju.86P-1, несущего бомбовую нагрузку до 1000 кг (4 x 250 кг или 16 x 50 кг) и высотного разведчика Ju.86P-2 с тремя аэрофотоаппаратами на борту. Самолет имел потолок 12 000 метров, что в течение длительного времени позволяло совершать полеты над Британскими островами и территорией СССР. Однако начиная с мая 1942 года несколько разведчиков Ju.86P-2 было сбито облегченными высотными истребителями «Спитфайр» MkV, а к середине 1943 года их применение фактически прекратилось.