Как уже говорилось, жизнь семейства Годуновых протекала в царских хоромах. Ирина росла на глазах Ивана Грозного. Более преданной родни царю было не сыскать, и 7 сентября 1580 г. состоялась свадьба царевича Федора и Ирины. А месяц спустя, 6 октября, в московском Спасо-Преображенском соборе протопоп Никита венчал Ивана IV и Марию Нагую. Посаженым отцом жениха был его собственный сын — двадцатитрехлетний Федор, дружкой жениха был князь Василий Иванович Шуйский, а дружкой невесты — Борис Федорович Годунов. Таким образом, все участники свадебной церемонии позже побывали на царском престоле.
В 1580—1581 гг. царь дает боярские чины Дмитрию и Борису Годуновым. В 30 лет получить чин боярина было лестно даже Рюриковичу, а ведь за Борисом никаких заслуг не числилось, кроме, разумеется, близости к царю. Даже двоюродный брат Бориса Степан Васильевич Годунов стал окольничим.
После свадьбы Иван Грозный выделил царевичу Федору большое удельное княжество, по размерам превосходящее многие европейские государства и включавшее города Суздаль, Ярославль и Кострому со многими волостями и селами. Это удельное княжество фактически перешло под контроль Годуновых.
С начала 70-х годов XVI века происходит резкое увеличение земельных владений Дмитрия и Бориса Годуновых. Часть земель была пожалована им царем, часть была куплена у других землевладельцев. Так, царь пожаловал Дмитрию Годунову дворцовые бортные села Ижевск и Киструсь в Рязанском уезде, вотчины Путилово и Беседы в Московском уезде и т.д. Дмитрий скупил вотчины во Владимирском и Дмитровском уездах. Каким-то образом ему же досталась Совьюжская волость в Солигалицком уезде, что дало Годунову огромные доходы от продажи соли.
Борис получил в приданое от Малюты Скуратова большую вотчину в Малоярославском уезде. Борис покупает у Третьяковых село Хорошево под Москвой, затем несколько сел в Тверском и Бежецком районе. Каким-то образом Борис приобретает вотчину Горетево в Московском уезде и т.д.
Богатыми землевладельцами стали и троюродные братья Бориса — Григорий, Степан и Иван Васильевичи Годуновы.
Как видим, при Иване Грозном Годуновы успешно делали карьеру и богатели, что резко контрастировало с жизнью других знатных родов.
Весной 1579 г. царь Иван тяжело заболел. Не надеясь на выздоровление, он вызвал в Александровскую слободу бояр и высшее духовенство и объявил своим преемником старшего сына царевича Ивана. Он увещевал присутствующих верно служить будущему государю.
Двор двадцатипятилетнего наследника сразу стал центром большой политической игры. Но надежды бояр на перемены вскоре рассеялись — царь выздоровел. Отношения старшего Ивана с младшим еще более ухудшились.
В начале 1581 г. в Польшу бежал Давид Бельский, который рассказал королю Стефану, что царь Иван «не любит старшего сына и нередко бьет его палкой».
К этому времени царевич Иван имел уже третью жену. Первый раз Иван женился в 18 лет на Евдокии Юрьевне Сабуровой. Через три года Иван Грозный сосватал сыну новую жену — Параскеву Михайловну Соловую, а Евдокия была отправлена в монастырь. Вскоре в монастыре оказалась и Параскева. До нас не дошли ни поводы, ни истинные причины двух разводов царевича, но, в любом случае, они произошли если не по принуждению, то, по крайней мере, с согласия отца.
Третьей женой царевича стала Елена Шереметева — отдаленная родственница Захарьиных-Кошкиных.
9 ноября 1581 г. Иван Грозный убивает своего сына Ивана. Ссора отца с сыном произошла из-за Елены Шереметевой. По одной версии царь застал ее не вполне одетой, пришел в ярость и отмолотил беременную сноху посохом. Подругой версии царь не желал иметь наследника престола от Шереметевой, и недостаточное число одежд на ней (три вместо семи) было лишь поводом к расправе.
Царевич заступился за жену и был тяжело ранен в голову жезлом отца. В последнем сходятся и папский посол А. Поссевино, и англичанин Джером Горсей, находившийся в Александровской слободе в день убийства.
На следующую ночь Елена родила мертвого ребенка, царевич же прожил еще одиннадцать дней. Иван Грозный плакал о сыне и даже отказался от запланированной поездки в Москву. Он ждал выздоровления сына.
19 ноября царевич Иван был похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля. Царь несколько дней был безутешен — плакал и молился. Ведь царь убил не только сына, он убил единственного законного и дееспособного наследника престола. Один удар царского посоха покончил с династией Рюриковичей и кардинально изменил историю России.
От первой жены Анастасии Романовны Грозный имел двух сыновей — Ивана и слабоумного Федора. От последующих пяти жен — Марии Темрюковны, Марфы Собакиной, Анны Колтовской, Марии Долгоруковой и Анны Васильчиковой — Иван IV не имел детей18.