Карл V с 50-тысячной армией вступил в Прованс, громко объявляя, что идет прямо на Париж. В то же время с севера подвигалась другая армия под предводительством графа Нассауского. Франциск поручил защиту Парижа, Пикардии и Шампани кардиналу Дю Белле, а против Карла выслал герцога Монморанси. Герцог решил заморить врага голодом. Прованс был предан самому жестокому опустошению: по приказанию герцога сжигали мельницы, житницы, целые деревни и даже города, истребляли хлебные запасы, заваливали колодцы. Монморанси заперся в укрепленном лагере, и, чтобы дойти до него, императорским войскам пришлось проходить по бесплодной пустыне; страна не могла дать ни малейшего продовольствия его войскам, а когда появлялись припасы, подвозимые морем, голодные жители с мужеством отчаяния набрасывались на них и отбивали их у императорских отрядов. За два месяца император, не дав ни одного сражения, потерял от болезней и истощения 20 тысяч человек и принужден был оставить Францию. Герцог Нассауский также отступил после безуспешной попытки взять приступом Перонну.
Все это тревожное время Рабле провел в Париже, вблизи своего сильного патрона, кардинала Дю Белле. Кардинал считался аббатом монастыря Сен-Мор, при надлежавшего ордену бенедиктинцев. Испрашивая у папы разрешения вернуться в ряды этого ордена, Рабле, вероятно, имел в виду поселиться именно в этом монастыре. Он действительно вступил в число его монахов и с восторгом описывал его в послании к кардиналу Шатильону. «Это, — пишет он, — райское жилище по благорастворенности воздуха, приятству, тишине, удобствам, невинным удовольствиям сельской и земледельческой жизни». Кроме спокойствия, Рабле мог постоянно пользоваться в этом удобном убежище и обществом своих друзей и единомышленников. В начале 1537 года Этьен Доле, заподозренный в убийстве своей жены и преследуемый судом, приехал в Париж под покровительство короля. Король помиловал его, и на радостях тот задал большой пир, на котором присутствовали Бюде, Маро и Рабле, «Рабле — честь медицины, врач, который может вызвать мертвого от дверей могилы и возвратить его к свету», — как писал Доле в одном своем стихотворном послании.
Несмотря на все прелести жизни в Сен-Морском аббатстве, Рабле недолго оставался там. Едва затихла военная гроза, как он снова направился на юг, и в мае 1537 года мы встречаем имя его в списках Монпельевского университета, где он получил ученую степень доктора медицины и затем в течение двух лет читал лекции: излагал и комментировал «Прогностиков» Гиппократа и преподавал анатомию. Рабле был одним из первых анатомов, делавших демонстрации на трупах. В сборнике латинских стихотворений Доле, напечатанных в Лионе в 1538 году, находится эпитафия на могилу одного повешенного, который был вскрыт Рабле в присутствии многочисленной аудитории. Автор говорит от имени повешенного, который радуется, что труп его дал повод присутствующим приобрести так много поучительных и интересных знаний. Он предназначался сделаться игрушкою ветра и добычею воронов, и вдруг его выставили в амфитеатре, целая толпа именитых граждан собралась вокруг него, он привлекал к себе всеобщее внимание, его окружали почетом, он приобрел славу. Он очень жалеет своего товарища по виселице: труп этого несчастного был вскрыт другим врачом, таким несведущим и некрасноречивым, что он сам казался холодным и немым, как мертвец.
Ученые занятия в Монпелье не мешали Рабле делать частые путешествия в разные южные города, особенно в Лион, где он проводил по несколько месяцев сряду и куда его привлекало отчасти желание повидаться со старыми друзьями, отчасти необходимость следить за печатанием двух первых частей своего романа, которые продолжали требовать новых и новых изданий.