Интересно впечатление летчика-испытателя о переходе через скорость звука. «Разгон самолета происходит как бы «с остановками», число М=0,97 держится в течение 1,5 минут, при этом отмечаются скачки в показаниях высотомера и вариометра. Первый скачок при переходе через число М= 1,0-1,02, второй – в районе числа М= 1,15-1,17. Усилия на ручке заметно переходят на давящие».
Следует пояснить, что в скачкообразных показаниях приборов нет ничего странного. Соединенные трубками с приемником воздушного давления они отражают явления, происходящие при его обтекании. Перемещение скачков уплотнения по поверхности ПВД и вызывало подобные «эффекты».
По результатам государственных испытаний специалисты рекомендовали запустить самолет Як-27Р в серийное производство, но с устранением выявленных дефектов и недостатков.
Весной 1959 года в НИИ ВВС на контрольные испытания предъявили серийный Як-27Р №0102 производства Саратовского завода №292. Испытания проходили с 14 апреля по 23 мая 1959 г. Ведущими на этом этапе были: инженер В.П. Синцов, летчик П.Н. Белясник, штурман В.И. Волков.
По сравнению с опытным Як-27Р № 02 на серийной машине в хвостовой части фюзеляжа установили тормозной парашют ПТ-5240-57 с площадью купола 15,5 м
На серийном Як-27Р блистер визира ПВ-2 передвинули ближе к чашке сиденья штурмана на 32 мм, установили более удобное катапультное кресло штурмана с измененной привязной системой, гидравлический мотор ГМ-08 в устройстве перестановки стабилизатора заменили на ГМ-Зб. Кроме отмеченного оборудования на самолете имелись автоматический радиокомпас АРК-4, МРП-56П, «Сирена-2» и авиагоризонт АГИ-1.
Топливо размещалось в пяти баках: № 1 – 10075л, №2и№3 – 1635л, №4и№5 – 1945л.
В таком виде построили серию из 10 самолетов.
Как следует из заключения по результатам испытаний, серийный Як-27Р по основным летно-техническим данным и характеристикам устойчивости и управляемости практически не отличался от опытной машины и самолеты "первой серии можно было допустить к эксплуатации в строевой части после устранения на них выявленных недостатков.
В соответствии с июльским 1958 года распоряжением правительства Як-27Р запустили в серийное производство на Саратовском авиационном заводе. Документом, в частности, предписывалось изготовить в 1958 г. 11 самолетов, в 1959 и 1960 годах – не менее 100 и 150 соответственно.
В мае 1959 года завершились заводские испытания катапультных кресел К-5 (летчика) и К-7 (штурмана) с забралом, обеспечивавших аварийное покидание самолета членами экипажа в диапазоне высот от 150 м до практического потолка и скорости полета до 2000 км/ч. Однако на серийных Як-27Р ставились кресла без защиты летчика от набегающего потока воздуха.
Во время заводских испытаний не обошлось без жертв. В частности, при облете потерпели аварии самолеты № 0602 и 0504 из-за зависания оборотов двигателей.
6 сентября 1961 года на аэродроме Энгельс разбился Як-27Р №0314. Нарушение нормальной работы правого двигателя РД-9Ф, связанное с ростом температуры газов и падением оборотов, стоило жизни летчику-испытателю М.М. Чувину и штурману-испытателю Г.И. Горбатову.
В 1960 году летчики А.А. Щербаков (ЛИИ) и Г.Т. Береговой (НИИ ВВС) испытали Як-27Р на штопор и разработали рекомендации строевым пилотам по выводу' машины из этого сложного положения. В частности, было установлено, что после сваливания в штопор двигатели необходимо выключить во избежание перегрева и самопроизвольной их остановки. Запуск двигателей предписывалось производить после выхода из штопора на высотах и скоростях, рекомендованных инструкцией по запуску.
В 1958 году построили летающую лабораторию Як-27Р, предназначенную для отработки разведывательного оборудования самолета Як-28Р. Самолет оснастили радиолокационным бомбардировочным прицелом РБП-3, автопилотом АП-28 и дистанционным астрокомпасом ДАК-И.