Общее руководство работой комиссии осуществлял генерал-прокурор Сената князь A.A. Вяземский, а ее председателем стал известный военачальник и дипломат генерал-поручик А.И. Бибиков. Им потребовалось немалое число сотрудников, людей образованных, деятельных и ответственных. Так в аппарате Уложенной комиссии оказался капитан М.И. Голенищев-Кутузов. Высочайшим указом он переводится из полка в распоряжение генерал-прокурора князя Вяземского (в составе специально отобранной группы офицеров в количестве 22 человек, в основном из гвардейских полков).
Работа в штате Уложенной комиссии стала для М.И. Кутузова серьезной жизненной школой, расширила его кругозор, дав широкие познания в области права, экономики, социологии. Все это ему весьма пригодилось в будущей военно-административной, дипломатической и педагогической деятельности.
Молодому офицеру пришлось соприкоснуться с такими людьми, как всесильные в то время братья Григорий и Алексей Орловы, будущий светлейший князь Г.А. Потемкин, доверенное лицо императрицы граф П.И. Панин, известные литераторы И.П. Елагин и Г.В. Козицкий, историки академик Г.Ф. Миллер и князь М.М. Щербатов, другими влиятельными людьми екатерининского времени. Среди депутатов оказалось немало и родственников по линии дяди Ивана Логиновича — Бибиковых.
Для разработки проектов по отдельным вопросам создавались специальные депутатские комиссии (всего 19), называвшиеся «частными». Они состояли из пяти депутатов: трое избирались, а еще двое назначались Вяземским и Бибиковым. М.И. Кутузов был включен в состав секретариата «частной» Юстицкой комиссии, переименованной позже в Комиссию о правосудии вообще.
В его обязанности входило ведение протоколов заседаний, составление реестров наказов, выписок и сводок из существующего законодательства, формулирование статей проектов законов. Протоколы заседаний затем сводились в одну официальную дневную записку, которая утверждалась на следующем заседании комиссии. Ее краткое изложение — экстракт — ежедневно направлялось императрице.
Уложенная комиссия действовала до декабря 1768 года: началась война с Турцией, и многие депутаты, будучи людьми военными, должны были возвратиться к местам службы или сразу отправиться на театр военных действий. (Больше комиссия по составлению нового свода законов Российской империи Екатериной II не собиралась. Огромный труд многих сотен людей так и остался незавершенным.)
Капитан М.И. Голенищев-Кутузов вскоре вновь оказался в хорошо знакомой ему Польше, где принял участие в начавшейся войне с польскими конфедератами. Она стала следствием событий 1764–1765 годов, связанных с возведением на королевский трон приверженца России Станислава Понятовского.
Его противники из числа польской вольной шляхты, собравшись в феврале 1768 года в украинском городке Баре, образовали «конфедерацию», объявили сейм Польши низложенным и принялись за создание собственной армии. Варшавское правительство оказалось бессильным в противодействии барским конфедератам. Те, окрепнув, в октябре издали манифест, в котором призвали население к повсеместному восстанию против короля Станислава Понятовского и потребовали от России вывода своих войск с польских территорий.
Русские войска, стоявшие в Польше, были немногочисленны: всего до 15 тысяч человек. Они состояли из шести карабинерных, тринадцати пехотных и четырех гусарских полков под командованием генерал-аншефа Петра Ивановича Олица. Эти малые военные силы составили обсервационную (наблюдательную) армию, разбросанную на большой территории.
России пришлось вновь вмешаться во внутренние беспорядки своего западного соседа. 8 ноября 1768 года императрица Екатерина II издает высочайший манифест, в котором указывалось на нарушения прав диссидентов — православных жителей католической Польши (преимущественно белорусов и украинцев). Диссиденты подвергались прежде всего политической и религиозной дискриминации. Эти события в Польском королевстве заставили Российскую империю вновь «принять участие» в делах Польши.
Польское посольство в Санкт-Петербурге от имени нации запросило у Екатерины II военной помощи. В Польшу на усиление обсервационной армии направляются новые войска, составившие особый корпус генерал-майора И.И. Веймарна. Корпус состоял из трех карабинерных (Нарвского, Новгородского и Санкт-Петербургского) и четырех пехотных (Казанского, Нарвского, Новгородского и Углицкого) полков при 10 орудиях.
При корпусе Веймарна был и капитан М.И. Голенищев-Кутузов. Корпусной командир помнил молодого пехотного офицера еще по первому польскому походу и высоко оценил его способности вести борьбу с мятежными «партиями», воевавшими разрозненно, без общей связи между собой, на свой страх и риск.