Когда капитан и команда каперского судна «Джефферсон Дэвис» были захвачены и приговорены в Филадельфии к повешению по обвинению в пиратстве, решение суда должно было быть утверждено президентом. Линкольн при этом заявил, что если их повесят как пиратов, то будет повешено такое же число офицеров Севера, находившихся в тюрьмах на Юге. Военный министр конфедерации Дэвис дошел до того, что опубликовал фамилии тринадцати пленных офицеров Севера, которые по жребию должны были бы отправиться на виселицу. Линкольн отказался начать это соревнование в казнях.
Президенту и кабинету министров приходилось вести неустанную борьбу с неопытностью новых чиновников, с путаной организацией армии, с бюрократизмом канцелярий. Им приходилось руководить армией, состоявшей из четырех категорий воинских соединений: кадровых войск; добровольцев, пошедших в армию на три месяца; народной милиции штатов и добровольцев, записавшихся на три года. Кроме того, еще были войсковые части в пограничных, все еще нейтральных штатах.
Формирование эффективно действующей армии, способной проводить крупные стратегические операции, требовало бешеной, сложной, изнурительной работы, а генерал Скотт оказался медлительным, суетливым; к тому же старого героя мучили болезни.
Нередко Линкольн и министр Камерон отдавали приказы через голову Скотта, используя политические каналы воздействия. Все же, присваивая генеральские звания командирам добровольческих частей, они полагались в основном на мнение Скотта. Среди назначенных по его рекомендации был Генри У. Галлек. Но назначение Джона Фремонта генерал-майором, так же как и назначение Батлера и Банкса, было сделано из политических соображений.
В Белом доме появился Уильям-Текамсэ Шерман. Он удивил и рассмешил Линкольна, отказавшись от звания бригадного генерала, ибо хотел, как он сказал, начать с низов — с полковника. Получив назначение, он послал прощальный привет своим сослуживцам на Сент-Луисской городской конной железной дороге.
Шерман предложил Линкольну назначить на командный пост выпускника Уэст-Пойнта Джорджа Томаса, имевшего многолетний армейский опыт.
Линкольн высказал сомнение в лояльности Томаса, так как он был родом из Виргинии.
— Мистер президент, — возразил Шерман, — старина Том так же лоялен, как и я. Во всей армии нет солдата лучше его.
— А вы берете на себя ответственность за него? — спросил Линкольн.
— С величайшим удовольствием, — сердито отрезал Шерман.
В тот же день Линкольн послал в сенат кандидатуру Томаса для утверждения его бригадным генералом.
К этому моменту стало известно, что из 1 108 кадровых офицеров армии США 387 подали в отставку и перешли к южанам.
В мае и июне 1861 года Линкольн не раз подчеркивал, что популярность правительства и сохранение Союза важнее всех остальных вопросов. Если проблема рабства оказалась выдвинутой на первый план, то только благодаря сложившимся обстоятельствам. Этот вопрос оказался в центре внимания, как только начало развиваться движение за отделение южных штатов, и миллионы негров, живших на Юге, стали рассматриваться как военный фактор, который одна из воюющих сторон или обе должны были использовать в своих интересах.
Маленькая женщина, жившая в штате Мэн и написавшая «Хижину дяди Тома», получила однажды по почте пару ушей, отрезанных у какого-то негра, в знак протеста против ее идей о равенстве рас.
Линкольн в своем послании конгрессу ни словом не обмолвился о неграх и о рабстве. Он сохранял официальную верность закону о беглых рабах. Получалось так, что беглые рабы из Виргинии, принадлежавшие сторонникам отделения и бежавшие в лагерь Батлера в крепости Монро, рассматривались как «контрабанда», поскольку некому было защищать их интересы в Вашингтоне. Но когда рабы из Мэриленда бежали в округ Колумбия или в военные лагеря союзной армии, члены конгресса от Мэриленда немедленно требовали их возвращения, так как обычно нельзя было доказать, что рабовладелец нелоялен по отношению к Союзу. В результате Линкольн стал постепенно вводить такой порядок, при котором местные военные и иные власти сами решали вопрос о том, как относиться к беглым рабам, имея в виду прежде всего требования военной необходимости.
6 июля военный министр Камерон сообщил Линкольну, что 64 добровольческих полка по 900 человек в каждом и 1 200 солдат регулярных войск в полной боевой готовности находятся в окрестностях Вашингтона, а вся армия Севера насчитывала в тот момент 225 тысяч человек. Верховным главнокомандующим этой армией, по тем временам самой большой в мире, был Линкольн.