В университете Александр Балакшин быстро сошелся с революционно настроенными кругами молодежи. Он даже организовал подпольный революционно-демократический кружок, идейно и структурно связанный с обществом «Земля и воля». Заседания кружка проходили на квартире А. Н. Балакшина. В годы учебы Александр неоднократно участвовал в студенческих собраниях и наряду с другими участниками подвергался допросам в Университетской следственной комиссии и Совете Казанского университета. В итоге за свою революционную деятельность он был исключен из университета и сослан на родину — в Ялуторовск под надзор полиции [1 Протокол Совета Казанского университета от 21 октября 1861 г. об исключении студента Балакшина Александра из университета за революционную деятельность// ЦГА ТАССР. Ф. 977. Он. Совет. Д. 10670. Д. 534—535 об.].
В Ялуторовске Александр Балакшин совместно с политическими ссыльными вел революционную пропаганду среди рабочих Падунского завода. В этот же период он активно переписывался с поляками, сосланными в Омск. В 1863 и 1864 гг. А. Н. Балакшин дважды бежал из ссылки, но оба раза был задержан и посажен в тюрьму[2 Дело об аресте в Пермской губернии Крупского и Балакшина., имевших сообщение с политическими преступниками //ГА Омск. обл. Ф. № 3. Оп. № 13. Д. 18448. № 1064; Донесение генерал-губернатору Западной Сибири о поимке политических ссыльных Крупского и Балакшина // Там же.].
По окончании ссылки А. Н. Балакшин работал на частных предприятиях Ишима и Петропавловска (Акмолинск) (на казенную работу политических ссыльных не принимали). В 1872т. он переехал в Курганский уезд Тобольской губернии, где совместно с друзьями основал в деревне Логовушке паточный завод, опытное поле (на арендованной земле) и метеорологическую станцию. Вскоре он создает отделение Московского общества сельского хозяйства и становится его председателем.
Как честный человек А. Н. Балакшин не мог мириться с тем, что экспортеры сибирского масла, частные владельцы маслодельных заводов и торговцы, грабят и разоряют сибирских крестьян. В январе 1902 г. он подал в Министерство земледелия и государственных имуществ докладную записку с просьбой выделить необходимые денежные субсидии для развития в Сибири кооперативного маслоделия. Средства были отпущены, и А. Н. Балакшин был назначен руководителем организации по устройству кооперативных маслоделен.
Начинать работать А. Н. Балакшину было тяжело. Мешали иностранные фирмы и частные торговцы; правительственные чиновники и полицейские чины обвиняли его в противоправительственной деятельности. Правда, А. Н. Балакшин продолжал подпольную революционную работу и находился под постоянным наблюдением полиции [3 Переписка полиции по поводу революционной деятельности Балакшина / Архив Балакшиных.], которая неоднократно производила обыски как у него в доме, так и в квартирах его сыновей [4 Протоколы об обысках у А. Н. Балакшина и его сыновей в марте 1906 г. // Там же.].
И все же кооперативное маслоделие в Сибири благодаря неустанной деятельности А. Н. Балакшина развивалось успешно. В 1902—1907 гг. было организовано 273 маслодельных артелей, выпускавших первоклассную продукцию. В 1907 г., когда правительственные субсидии кончились, А. Н. Балакшин предложил объединить все организованные к тому времени артели в Курганский союз маслодельных артелей, реорганизованный позже в Сибирский союз маслодельных артелей. Вскоре этот союз, бессменным председателем которого был А. Н. Балакшин, стал одной из мощных кооперативных организаций не только в России, но во всем мире. В него входило до 2015 артелей с 600 тыс. хозяйств и с 3 млн голов скота.
Сибирский союз маслодельных артелей осуществлял производство, сбыт и экспорт большого количества сибирского масла, которое высоко ценилось как на внутреннем, так особенно на мировом рынке. Экспорт сибирского масла к 1917 г. достиг 2,4 млн пудов в год [73, с. 39]. В результате такого значительного экспорта государство получало больше золота, чем давали его все золотые прииски нашей страны вместе взятые.
Семья А. Н. Балакшина.
Однако экспорт масла за границу осложнялся для союза необходимостью реализовывать масло через иностранные фирмы, что наносило значительный ущерб артелям — производителям масла. Поэтому в 1913 г. по инициативе А. Н. Балакшина в Лондоне был организован Союз сибирских кооперативных товариществ «Юнион», основными членами которого стали Союз сибирских маслодельных артелей и английская фирма Лонсдейль. Председателем «Юниона» избрали А. Н. Балакшина. А вскоре «Юнион» уже развернул большую и плодотворную работу во многих странах мира.