Его благотворительность развивалась по нескольким направлениям. С разрешения царя и патриарха Иосифа на свои деньги он строит церковь Преображения Господня, а при ней в конце 40-х годов учреждает – тоже на собственные средства – монастырь, при котором вскоре создается «ученое братство» – его стали называть Ртищевским. Иноки занимались переводами священных книг, а позже при монастыре открывается училище, где желающие могут обучаться языкам: церковно-славянскому, латыни, греческому, а также грамматике, риторике и философии. Уже после смерти Ртищева училище послужило основой для создания Славяно-греко-латинской академии. Ртищев был одним из тех, благодаря кому в русских храмах с целью духовного просвещения паствы после службы стали читать проповеди. Федор Михайлович был воспитателем царевича Алексея, ранняя смерть которого сильно подействовала на Ртищева, заставив удалиться от государственных дел.
О Ртищеве вообще говорили, что у него нет «самолюбия» в расхожем смысле этого слова: он не просто любил ближнего, как себя, но себя считал «последним из своих ближних». «Ртищев умел подняться до способности соболезновать людскому несчастью как общему злу и бороться с ним как со своим личным бедствием» (
В армии всегда, а тем более в армии ХVII века, на солдат смотрели как на пушечное мясо. Ртищев едва ли не первый на Руси начинает относиться к ним по-евангельски, что в своих, что в чужих равно видя детей Божьих.
На собственные средства Ртищев выкупил немало пленных россиян. Крымские татары в XVI–XVII веках во время каждого набега на Русь уводили многие тысячи пленных, которых потом продавали в рабство. Правительство брало налог – «полоняничные деньги», из которого платило за выкуп этих людей. Но на всех собранных средств не хватало. Ртищев заключил соглашение с купцом-греком, жившим в России. Тот вносил выкуп, а Федор Михайлович отдавал ему нужную сумму из своих денег: в общей сложности он за несколько лет истратил на эти цели 17 тысяч рублей – сумма по тем временам грандиозная.
Первым Ртищев организовал и своего рода «скорую помощь» в Москве, составив команду рассыльных, которые подбирали избитых и пьяных с улиц города и отвозили в специальный дом, который тоже содержал Федор Михайлович (позже дом этот назовут первым российским медвытрезвителем). Это был приют для временно нуждающихся. Но скоро появился второй дом, куда доставляли слепых и немощных, нуждавшихся в постоянной помощи, – первая настоящая богадельня в Москве, ставшая и первой гражданской больницей в России.
Помогал Ртищев и голодающим: во время голода в Вологодском крае он продал лишнюю одежду и домашнюю утварь, послав вологодскому архиепископу для раздачи 200 мер хлеба, 900 рублей серебром и 100 рублей золотом. Такие огромные пожертвования заставили Ртищева продать одно из своих сел. Заключая сделку, он добровольно снизил цену, но потребовал от нового владельца поклясться на образах, что тот не увеличит повинностей крестьян. Завещав свои вотчины дочери и зятю – князю Одоевскому, Федор Михайлович попросил, чтобы всех дворовых они отпустили на волю. Свою землю под Арзамасом, необходимую для городских нужд, он даром отдал городу. По общему свидетельству, в собственных потребностях Ртищев был на редкость скромен. Он постоянно жертвовал и монастырям, имя его вписано в синодики многих храмов.