Долгорукова осталась в Царском Селе и там ждала Александра. Он приехал к ней на следующий день и посвятил ее в планы относительно перемен, которые в связи со смертью Марии Александровны неминуемо должны были произойти и в штате двора, и в его собственном домашнем обиходе, не касаясь существа их личных отношений. Лишь 25 июня, через месяц после похорон жены, Александр сказал Екатерине Михайловне слова, которых она ждала уже 14 лет: «Петровский пост кончится 6 июля. В этот день я решил обвенчаться с тобой». Другим он ни словом не обмолвился об этом. Лишь за два дня до срока, 4 июля, Александр, находясь в Царском Селе, вызвал Александра Адлерберга и заявил, что хочет обвенчаться с Долгоруковой. Тот пытался возражать, но царь сказал, что волен распоряжаться собственной судьбой, как сочтет нужным, тем более что жениться на Долгоруковой ему велит чувство долга перед ней и их общими детьми.
Свадьба состоялась в Большом Царскосельском дворце, в одной из маленьких комнат, где стоял походный алтарь – обыкновенный стол, на котором размещались крест, Евангелие, свечи, венцы и обручальные кольца. Протоиерей Ксенофонт Яковлевич Никольский, протодьякон и дьячок в полном облачении уже ждали молодых. При венчании присутствовали граф А. В. Адлерберг, генерал-адъютант А. М. Рылеев, мадемуазель Шебеко и генерал-адъютант граф Э. Т. Баранов. После венчания Александр пригласил свою молодую жену и Веру Шебеко на прогулку, попросив взять с собой и старших детей – Георгия и Ольгу. Шебеко рассказывала потом что Александр вдруг с неожиданной печалью в голосе сказал: «Я боюсь своего счастья, я боюсь, что меня Бог слишком скоро лишит его». И настойчиво просил сына пообещать, что тот никогда не забудет своего отца.
Возвратившись с прогулки, Александр составил Акт о состоявшемся бракосочетании, подтвержденный подписями Адлерберга, Баранова, Рылеева и его собственной, и вслед за тем написал указ Правительствующему сенату: «Вторично вступив в законный брак с княжной Екатериной Михайловной Долгоруковой, Мы приказываем присвоить ей имя княгини Юрьевской с титулом „Светлейшей“. Мы приказываем присвоить то же имя с тем же титулом нашим детям: сыну нашему Георгию, дочерям Ольге и Екатерине, а также тем, которые могут родиться впоследствии, мы жалуем их всеми правами, принадлежащими законным детям сообразно статьи 14 Основных законов Империи и статьи 147 Учреждения императорской фамилии». Тем самым Екатерина Михайловна, а также Георгий, Ольга и Екатерина становились полноправными членами императорской фамилии, со всеми вытекающими отсюда последствиями. Однако документ этот Александр до поры до времени решил сохранить в тайне. Лишь через 10 дней он сообщил о своем новом браке и подписанных после него документах приехавшему в Царское Село Лорис-Меликову, да и то предварительно взяв с него клятву о молчании. После этого царь сказал: «Я знаю, что ты мне предан. Впредь ты должен быть также предан моей жене и моим детям. Лучше других ты знаешь, что жизнь моя подвергается постоянной опасности. Я могу быть завтра убит. Когда меня не будет, не покидай этих столь дорогих для меня людей. Я надеюсь на тебя, Михаил Тариелович».
Впоследствии долгое время муссировались слухи, что Лорис-Меликов после взрыва в Зимнем дворце стал совершенно послушным орудием в руках Екатерины Михайловны, которая как любящая женщина и мать все силы направила на то, чтобы спасти жизнь Александра. Она считала, что царь будет в безопасности лишь тогда, когда террористы откажутся от своих намерений убить его. А это может быть осуществлено только в одном-единственном случае: если царь и Лорис-Меликов пойдут на выполнение их требований. И так как она видела, что эти фанатики неспособны ни к какому компромиссу, то она умолила «диктатора» протянуть им руку примирения. Реакцией на эти слухи было то, что наиболее решительные сторонники самодержавия, не склонные ни к каким уступкам, возмущались и уклонялись от деятельности. А среди крестьян даже в провинциальной глуши были убеждены, что Лорис-Меликов и сам тайный агент террористов. Утверждали, что армянского генерала наняли помещики, недовольные освобождением крестьян, чтобы убить батюшку-царя.
Скрытый семейный и политический конфликты