Сначала царь хотел устроить отдельный опричный дворец в Кремле на «заднем государевом дворе» между церковью Рождества Богородицы и Троицкими воротами (там находится сейчас Дворец съездов): «На двор же свой и своей царице двор повеле место чистити, где были хоромы царицы, позади Рожества Пречистые и Лазаря святого, и погребы и ледники и поварни все и по Куретные ворота, также и княже Володимерова двора Андреевича место (где теперь стоит Царь-пушка. —
После этого царь почему-то передумал строиться в Кремле. По долгом размышлении весной 1566 года он «повелел двор себе ставити за городом, за Неглинною, меж Арбацкие улицы и Никитские, от полого места, где церкви Великомученик Христов Дмитрей да храм Святых Апостол Петра и Павла, и ограду камену вокруг добру повеле сделати». Другой летописец о постройке этого опричного дворца записал: «Царь и великий князь учинил опришнину: из града и из двора своего перевезся жити за Неглинну на Воздвиженскую улицу, на княж Михайловский двор Темгрюковича, и велел на том дворе хоромы строити царския и ограду учинити, и все строение новое ставити, город (ограду. —
Дворец строился срочно собранными для этой цели мастерами-плотниками из отборного леса летом и осенью 1566 года; к зиме он был готов, и 12 января 1567 года государь переселился в него. Где именно находился огороженный стеной двор размером 260*260 метров, не вполне ясно — слишком недолго он существовал. Авторитетнейший историк старой Москвы И. Е. Забелин считал, что стена опричного двора частично сохранилась до его времени в виде каменной ограды бывшей усадьбы Нарышкиных — архива Министерства иностранных дел, где теперь расположены здания Российской государственной библиотеки. Другие исследователи признавали остатками царского дворца постройки во дворе Московского университета — но строения XVI века не могли спустя 400 лет остаться на поверхности в зоне интенсивной городской застройки.
Проводившиеся в последние годы на «Романовом дворе» (принадлежавшем в XVII веке боярину Ивану Никитичу Романову, а потом его сыну боярину Никите Ивановичу) археологические раскопки не обнаружили во дворах между Романовым переулком и Моховой улицей следов каменных стен, но дали основание говорить, что там располагалась хозяйственная зона опричного двора. Сама же крепость находилась несколько ближе к Кремлю — на месте корпуса библиотеки Московского университета, трассы нынешней Моховой улицы и здания Манежа. А царские покои, видимо, были возведены в районе нынешнего дома 7 по Моховой улице, где пришлось засыпать белым песком овраг, по которому тёк ручей {5}.
Немец-опричник Генрих Штаден оставил подробное описание этой царской резиденции: «Великий князь велел снести к западу от крепости на высочайшем холме дворы многих князей, бояр и торговых людей, <находившихся> на расстоянии ружейного выстрела по четырехугольнику, и обнести эту площадь стенами <высотой> в сажень от земли из тёсаных камней, две же сажени были из обожжённого кирпича. Наверху <стены> были заострены, без крыши и защитных ходов вокруг, примерно в 130 саженей в длину и столько же в ширину с тремя воротами: одними — на восток, другими — на юг, а третьими — на север. Северные ворота находились напротив крепости и были окованы листами железа, покрытого оловом. Внутри — там, где ворота открывали и закрывали, — в землю были вбиты два толстых массивных дубовых бревна, в которых <были сделаны> два больших отверстия, так что через эти массивные брёвна можно было протащить или продеть бревно, укреплённое в стене — когда ворота были закрыты — до другой половины <стены> по правую руку. Эти ворота были покрыты жестью».
Главные, северные ворота вели к въезду на мост через Неглинную и далее, через Воскресенские ворота, на китайгородский посад. У ярко блестевших на солнце створок были установлены странные и пугающие фигуры. Штаден оставил их описание: «…два резных и расписных льва — на том месте, где у льва находятся глаза, были вставлены зеркала — и резной деревянный выкрашенный чёрным двуглавый орёл с распростёртыми крыльями. Один <лев> был с раскрытой пастью и смотрел в сторону земщины, другой же смотрел во двор. Между этими двумя львами находился двуглавый чёрный орёл с раскрытыми крыльями, грудью к земщине».