Входившие через эти ворота внутрь царской резиденции сначала должны были миновать «кухни, погреба, хлебни и мыльни. На погребах, где <хранился> различный мёд, а в некоторых лежал лёд, сверху были построены большие помещения из досок, укреплённых камнями, а все доски насквозь прорезаны в виде листвы. Здесь вывешивали всех зверей, рыб, большей частью происходивших из Каспийского моря, таких как белуга,
Хозяйственные службы, как можно понять из описания Штадена, находились за пределами замковых стен, но сообщались с собственно царским дворцом через «небольшие ворота, так, чтобы из кухонь, погребов и хлебень в правый двор можно было доставлять еду и питьё». В этом внутреннем дворе посетители могли видеть «перед избой и палатой невысокий покой с горницей вровень с землёй; стена здесь была на добрые полсажени ниже на всём протяжении, где она обрамляла этот покой и горницу, для <доступа> воздуха и солнца»; площадь перед ним «была посыпана белым песком высотой в локоть из-за сырости». Здесь находились жилые комнаты Ивана Грозного, где он «всегда по утрам или в обед имеет обыкновение есть».
Для удобства государя были устроены две лестницы, по которым можно было подняться до больших покоев: одна начиналась напротив восточных ворот, другая была по правую сторону от них (если стоять к воротам спиной). Перед лестницами стоял небольшой помост, похожий на четырёхугольный стол, на который царь вставал, садясь на коня или сходя с него. Лестницы и переходы были крытыми; опорами им «служили две колонны, на них находились крыша и деревянный свод; на колоннах и на своде была резьба в виде листвы». Далее Штаден пишет: «С лестниц шёл свод во все покои вплоть до стены, чтобы великий князь мог по этому переходу пройти из верхних покоев до стены и через неё в церковь, что находилась перед двором за окружной стеной на востоке. Эта церковь была построена в форме креста и имела фундамент высотою в восемь дубовых брёвен от земли и три года стояла непокрытой. При этой церкви висели колокола, какие великий князь награбил и забрал в Великом Новгороде». Богомольный царь, таким образом, имел возможность по крытому переходу отправиться в церковь Николы Зарайского.
Восточные ворота опричной крепости, по Штадену, были предназначены исключительно для царского проезда: «…князья и бояре не могли следовать или идти за великим князем из двора или во двор через восточные ворота, только великокняжеские лошади и сани». Выйдя из них, можно было попасть прямо на Троицкий мост Кремля.
Во внутреннем дворе постоянно находилась опричная стража: «Под этими двумя лестницами и переходами 500 стрельцов еженощно несли караул в покоях или палате, где великий князь имел обыкновение есть».
Через южные ворота (Штаден писал, что у них «ночной караул несли князья и бояре») попадали на приказный двор. Там были построены здания опричных учреждений-приказов и проходили привычные для людей XVI–XVII веков процедуры: «…Правили со всех должников и били батогами и плетьми до тех пор, пока священник не выносил даров и не ударяли в колокол. Здесь же подписывали челобитья <из> опричнины и направлялись в земщину. И что здесь было подписано, считалось правым, и в земщине против того не говорили согласно указу. Здесь во дворах и на улице княжеские и боярские слуги-малые держали всех своих лошадей во время поездок великого князя в земщину» {6}.
Некоторые современные исследователи склонны считать, что опричный дворец являлся не просто крепостью, а своеобразной копией эсхатологического Града Божьего, описанного библейским пророком Иезекиилем. В этом граде тоже было только трое ворот: на север, на юг и на восток Западные ворота отсутствовали, а восточные были предназначены для особого случая: «И рече Господь ко мне: сия врата заключенна будут и не отверзутся, и никтоже пройдет ими: яко Господь Бог Израилев внидет ими, и будут заключенна» (Иез. 44:1–2). Пророк указывал, что в «последние времена» Бог соединится со своим народом, войдя через восточные врата в Град Божий. Поэтому только царь Иван позволил себе входить в священные ворота, приготовленные для самого Господа. Отсутствие же западных ворот возвещало, что с приходом Судии не будет захода солнца и не наступит ночь. Церковь внутри стен тоже была не нужна, раз Бог присутствовал здесь непосредственно.