В организационный период областной комитет ВКП(б), НКВД и советские органы Крымской АССР приступили к подготовке подполья и партизанского движения, опираясь в основном на местные ресурсы, оставшиеся после нескольких мобилизаций и эвакуаций остатки людских резервов и опыт старых партизан – участников гражданской войны. Кроме того, необходимо учесть, что перед ОК ВКП(б) и советскими органами, кроме подготовки партизанского движения и подполья, стояли другие, не менее важные задачи: проведение мобилизации; эвакуация населения, промышленности, культурных ценностей; обеспечение участия населения в оборонительных работах; формирование народного ополчения, истребительных батальонов; организация ремонта и производства боевой техники; уборка урожая и транспортировка сельскохозяйственной техники, излишков продовольствия и крупного рогатого скота в восточные районы страны; организация сети госпиталей на базе санаториев Южного берега Крыма и т. д.[162]. В отдельных районах партизанские отряды обеспечивались по остаточному принципу, что неизбежно сказалось на качественных и количественных показателях.
Организация обеспечения партизан и базирование всего выделенного требовало строгой дисциплины, смекалки и явных организационных способностей. Ситуация была нестандартной. И.Г. Генов отмечал: «
Недостатки организационного периода не позволили избежать впоследствии многих проблем, возникших в отношениях партизан с жителями деревень, окружавших партизанскую зону. С первых же дней деятельности партизан сложности и недоразумения породили взаимные претензии и недоверие, подогревавшиеся спецслужбами оккупантов и лидерами местных пособников. Крымские партизаны и районы их базирования оказались окружены населенными пунктами с враждебным населением, и эта ситуация продолжала существовать очень долго, фактически до осени 1943 года.